Kota yang terletak di puncak gunung ini terkenal dengan misterinya, sehingga menimbulkan beberapa teori tentang kota Machu Picchu.
Tidak banyak yang tahu tentang kota yang telah dilupakan secara berabad-abad, namun arkeolog Hiram Bingham memulai penggaliannya sejak seratus tahun yang lalu hingga akhirnya kota ini menjadi salah satu tujuan wisata terpopuler di dunia.

Namun kedua teori tersebut keliru. Karena itu, Bingham pun menduga kembali bahwa Machu Picchu mungkin adalah sebuah kuil yang diabdikan kepada Para Perawan Matahari yang merupakan ordo kudus dari wanita-wanita yang terpilih untuk diabdikan untuk dewa matahari Inca, Inti. Teori ini lahir karena ditemukannya lusinan kerangka dan hampir semuanya adalah wanita.
Teori tersebut kemudian dibantah oleh Verano, setelah memeriksa kembali kerangka dan menemukan bahwa hampir setengah dari kerangka tersebut adalah pria. Maka, lahirlah teori baru dimana Machu Picchu adalah tempat peristirahatan kerajaan dari Kaisar Inca abad ke -15, Pachacuti.
Teori-teori diatas telah dicetuskan sejak tahun 1911 dan sampai hari ini, belum ada yang menemukan jawabannya. Namun semua saintis setuju bahwa kota Machu Picchu merupakan tempat yang memiliki unsur religious dan keramat.